巩檑^1* , 程永芳^2* , 甘晓燕¹ , 陈虞超¹ , 聂峰杰¹ , 张丽¹ , 石磊¹ , 宋玉霞¹ , 郭志乾³ , 王峰⁴

1宁夏农林科学院农业生物技术研究中心, 宁夏农业生物技术重点实验室, 银川, 750002;
2宁夏大学生命科学学院, 银川, 750021;
3宁夏农林科学院固原分院, 固原, 756000;
4宁夏农林科学院荒漠化治理研究所, 银川, 750002;
*同行贡献作者
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2015 年, 第 13卷, 第 14 篇   doi: 10.13271/j.mpb.013.001535
收稿日期: 2015年03月13日    接受日期: 2015年04月15日    发表日期: 2015年05月20日

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推荐引用：

Gong L., Cheng Y.F., Gan X.Y., Chen Y.C., Nie F.J., Zhang L., Shi L., Song Y.X., Guo Z.Q., and Wang F., 2105，Mining EST-SSRs based on potato transcriptome and analyzing their polymorphism, Fenzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding), 13(7): 1535-1544 (巩檑, 程永芳, 甘晓燕, 陈虞超, 聂峰杰, 张丽, 石磊, 宋玉霞, 郭志乾, 王峰, 2105, 马铃薯转录组EST-SSR挖掘及其多样性分析, 分子植物育种, 13(7): 1535-1544)
 

本研究以宁薯4号叶、根和匍匐茎茎尖为材料构建链特异性文库进行转录组测序并对测序数据重新拼接。应用SSR检索软件从74.8 Mb测序数据中(51 006 Unigenes)发掘到1 867个SSR位点，平均发生频率为1/41 kb。重复基序中以三核苷酸、六核苷酸和二核苷酸为主，分别占总SSR位点数的58.2%、12.8%和10.7%；56种三核苷酸重复基序中以(GAA/TTC)_n为主，占总SSR重复基序比例的4.1%；160种六核苷酸重复基序中以(AGCCAC/GTGGCT)_n、(AGATGA/TCATCT)_n、(GCAGGT/ACCTGC)_n、(AAACCC/GGGTTT)_n和(GGTGGA/TCCACC)_n为主，分别占总SSR重复基序比例的0.2%。对1 867个SSR位点序列设计了1 692对EST-SSR引物，从中抽取100对引物进行有效性和多态性验证。结果表明，76对(76%)引物能扩增出预期目标片段；40对能扩增出目标片段的EST-SSR引物中有19对引物在分析47份马铃薯种质资源遗传多样性中表现出多态性差异，多态性引物比例为47.5%；共检测到80个等位基因，平均每对引物检测到4.2个等位基因；多态性信息含量(PIC)值变化在0.343~0.819之间，平均为0.658，属于高多态位点。本研究可为分析马铃薯种质资源遗传结构、构建精细遗传图谱、克隆定位功能基因和分子标记辅助育种等研究提供了标记基础。

马铃薯；转录组；EST-SSR；遗传多样性